Створювалася  і розвивалася МАН під керівництвом Міністерства освіти і при активній участі   академії наук України.

         Ще в 1939 році Академія наук УРСР прийняла постанову про шефство   над дитячими науковими установами.

       В 50-60-х роках ХХ сторіччя окремі наукові гуртки при школах та позашкільних закладах об’єдналися в Наукові товариства учнів (НОУ).

         В 1963 році була створена перша  Мала академія наук – Кримська.

        В 1964-65 роках в Херсонській області на базі обласної станції юних техніків теж починає  працювати  МАН, але як творче об’єднання учнів, вчителів, науковців на громадських засадах.

        В 1995 році в області створюється Херсонське територіальне відділення Малої академії наук України

       Комунальний заклад  «Мала академія наук» учнівської молоді Херсонської обласної ради створено у   2011 році  відповідно до  рішення VI сесії шостого скликання Херсонської обласної ради  № 170 від 20.04.2011 року «Про утворення позашкільного навчального закладу «Мала академія наук» учнівської молоді Херсонської обласної ради.